Управление Учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, строится на принципах единоначалия и коллегиальности, обеспечивающих государственно-общественный характер управления Учреждением.
Органами Учреждения, в том числе органами, обеспечивающими государственно-общественный характер управления, являются:
руководитель Учреждения — директор;
наблюдательный совет;
управляющий совет;
педагогический совет;
общее собрание работников.

Положения об органах управления содержит Устав МАОУ гимназии № 49 города Тюмени (размещен в разделе «Документы»).

В гимназии нет структурных подразделений.